iPhoneのバックアップについて

iPhoneのバックアップには、標準的に2種類選べる。
1つはiCloudへのバックアップで、もう1つはiTunesへのバックアップ。

iCloudは無料で5GBの容量まで利用でき、Wi-Fi環境さえあればいつでもどこでもバックアップとレストアも出来る。
自動で一定の間隔で行われるが、任意の時に強制的に手動で実行することも出来る。
ただ、iPhone本体の容量に比べれば、それはあまりに小さいし、Wi-Fi環境で大量のデータをって言うことを考えると、全てをiCloudだけでと考えるのは、ちょっと現実的ではない気がするし、AppleもiTunesとの併用が現実的だと考えているようだ。

iOS のバックアップ方法を選択する (iOS デバイスのバックアップに iTunes と iCloud のどちらを使うべきか)
http://support.apple.com/kb/HT5262?viewlocale=ja_JP

iTunesでのバックアップは、メディアコンテンツなどはバックアップ対象にはならないと言うのは知っていた。
(アプリの設定情報などはバックアップ対象になる)
が、OS標準以外の各アプリは、iTunes上にあるのでそこからインストールされるものと思っていたが、そうではなかったのだろうか?
下記を読むと、アプリの媒体そのものはバックアップには含まれないとある。

iTunes：iOS のバックアップについて
http://support.apple.com/kb/ht4946?viewlocale=ja_JP

なので、アプリの復元は、どうなっているんだろう?

今回、新品交換による対応で、カメラのピントが合わないのと、Siriがイヤフォンマイク経由でしか応答しないのと、標準の音声入力機能が使えない問題は解消したけど、今後壊れないと言うことは考えにくいので、バックアップの方法や運用を考えたい。

これまで、iOSデバイスのデータ移行は、5回目なんだけど、うまくいかなかったことが過去に無かっただけに、どうしたらいいんだかと頭を悩ませた。
OSのバージョンやiTunesのバージョンも違うこともあったけど、概ね変わらないはずで、iPhone4 -> iPhone5の時問題なくて、iPhone5 -> iPhone5でコケるとは。。。

iPhone側で、「設定＞一般＞リセット＞すべてのコンテンツと設定を消去」を忘れていたからハマったのだろうか。。。

工場出荷状態からの復元とかまでやっているので、何が問題だったのかサッパリわからない。
正しいオペレーションって、どういう手順だったんだろう?